本會設理事二十一人，候補理事七人，監事七人，候補監事二人，分別組織理事會及監事會，理監事任期三年，但連選得連任，均為無給職。理事會互選常務理事七人，並票選一人擔任理事長，對外代表本會。截至目前，財團法人中華水土保持學會計有1300餘名會員，11個團體會員，本會設秘書長及副秘書長各一人，並得視業務需要設總務、會計、學術、會籍及服務等組織辦理會務。